Historiskt och fram till 1970-talet
- Klinisk undersökning. Det vill säga att läkaren frågar, tittar och känner på patienten och söker efter specifika symtom på hypometabolism såsom trötthet, frusenhet, myxödem, torr hud etc.
- Mätning av basal kroppstemperatur.
- Mätning av basalmetabolismen, BMR.

I dag
- Blodprov där man mäter TSH och T4. Är TSH förhöjt vid ett tillfälle avvaktar man och nya blodprover, tillsammans med check av TPO-antikroppar, efter ett par veckor. Ligger värdena på gränsen mellan vad som anses friskt och sjukt kan patientens sjukdomshistoria och huruvida den har autoimmuna sjukdomar i släkten, vara avgörande.
Problemet med våra dagars diagnostik av hypotyreos är dock att den "grundas på bestämning av koncentrationen av TSH och tyroideahormon i blodet och således inte på någon annan variabel som direkt återspeglar effekten på cellnivå". ("Tyroideasjukdomar hos vuxna" av Nyström, Törring m fl)
 
Önskad diagnostisering
- Klinisk undersökning. Det vill säga att läkaren frågar, tittar och känner på patienten och söker efter specifika symtom på hypometabolism såsom trötthet, frusenhet (kalla händer och fötter), myxödem, torr hud, sprött hår, bortfall av ögonbrynens yttre del, långsamma senreflexer, låg puls etc.

- Mätning av basal kroppstemperatur.

- Salivkortisolprov, vid fyra tillfällen under dygnet, som mäter kortisol- och DHEA-nivåer för status på binjurarna, eftersom kortisol är viktigt för att kroppen ska kunna tillgodogöra sig sköldkörtelhormon.

- 24-timmars urinprov på T3 och T4, som bättre verkar korrelera med patientens symtom än vad blodprov gör. Eller en:

- Finnålsbiopsi av sköldkörteln (också kallad finnålspunktion eller finnålscytologi) som kan skvallra om en atrofisk (förtvinad) sköldkörtel, vilken kan vara orsak till symtomen. En del läkare behandlar atrofisk sköldkörtel, trots normalt TSH och T4, andra inte. "Har patienten kliniska symtom på hypotyreos och TPOak och/eller cytologiska fynd av epitelförändringar och klar stegring av antalet lymfocyter, ska behandling övervägas." Dvs utan att TSH och/eller T4 behöver vara avvikande. Detta skriver överläkare Jan Calissendorff och professor Lambert Skoog i Läkartidningen (nr 21-22 2006).

Blodprov som mäter:
- antikroppar: TPOak, TGak, TRak (förhöjda värden ökar risken för sköldkörtelsjukdom avsevärt)
- kortisol, DHEAS, natrium för binjurarna (låga värden indikerar sviktande binjurar, vilket även lågt blodsocker, förhöjt kalium och förhöjt LDL-kolesterol gör)
- CK (kreatinfosfokinas) är förknippat med hypotyreos, muskelsmärta och/eller muskelsvaghet - dvs vanliga symtom vid hypometabolism. Behandlas med kortison. Ett bra prov att be läkarna ta!
- järn och ferritin för järnstatus (observera att S-Ferritin, dvs järndepåvärdet, är en bättre markör än S-Järn och S-Ferritin över 60 mcg/L, men gärna runt 100, är att eftersträva)
- MMA, homocystein och eventuellt kobalaminer för B12-status (kobalaminer som är det vanligaste provet kan ge felaktiga svar för den som exempelvis äter multivitamintillskott, därför är MMA ett säkrare prov) 
- folat (B9)
- D-vitamin (låga nivåer kan orsaka trötthet, depressiva besvär, inflammationer och verkar kunna öka risken för många vanliga sjukdomar) 
- ASAT och ALAT för leverstatus (förhöjda levervärden kan vara tecken på hypometabolism).
- TSH, fritt T4 och eventuellt fritt T3 (större delen av T3-bildningen sker på cellnivå, så fritt T3 i blod ger inte en rättvis bild av T3-nivån i kroppen) är viktiga i de fall det är en klar hypotyreos det handlar om. Urinprov verkar upptäcka dessa brister minst lika bra.
- Be också om att få kolla din koncentration av cytokiner (immunförsvarets signalsubstanser) i blodet. Ett nytt forskningområde inom konventionell medicin, och onekligen intressant! Läs mer

Kortisoltest finns också som 24-timmars urinprov inom den vanliga vården. Det verkar inte vara känsligare än saliv, men är betydligt bättre än att mäta i blod.

Läs Sköldkörtelförenings förslag på riktlinjer vid diagnostisering och behandling